Por alguna razón, la isla de Hokkaido (llamada Ezo en la película) fue ocupada por los soviéticos posteriormente a la Segunda Guerra Mundial (cualquier parecido con la historia es mera coincidencia). Tal como sucedió con Korea y Vietnam, esto dividió Japón en dos partes (uno de los elementos principales de la historia). Gracias a la Guerra Fría, la Unión Soviética inicia la construcción de una torre enorme en el centro de la isla principal bajo la supervisión del científico Ekusun Tsukinoe en 1974. Para 1990 Japón ha recuperado la independencia pero no la unidad, por lo cual el grupo terrorista ULITA inicia una serie de actividades para re unificar las islas de Japón.
Ojo! Spoilers!
La historia inicia en 1996, mientras observamos la vida de tres compañeros de colegio que viven en la prefectura de Aomori. Estos son los muchachos genios Hiroki Fujisawa y Takuya Shirakawa, y una muchacha, Sayuri Sawatari. Todos son integrantes del noveno año de colegio y comparten el tren a sus respectivos hogares. Durante este año, los muchachos descubren una nave no tripulada de las Fuerzas de Autodefensa Japonesas, la cual reconstruyen como una nave llamada Bello Cielo (Velacielo). La narrativa descubre que Sayuri es la nieta del constructor de la torre que domina el espacio aéreo en el Norte de Japón. Durante el verano los tres se reúnen en el hangar abandonado donde construyen la nave y hacen la promesa de volar hasta la torre. Lamentablemente los muchachos se separan y ambos pierden el rastro de Sayuri, que desaparece de forma misteriosa.
Ojo! Spoilers!
Tres años después, Takuya Shirakawa se transforma en un elemento clave en la investigación de los efectos de la torre sobre el espectro cuántico (sirve para enlazar dimensiones), así como se une a la organización ULITA. Por su parte, Hiroki transita por la vida sin propósito fijo, compartiendo sus sueños con Sayuri, a la cual no puede alcanzar. Por otra parte, se nos presenta a una narcolepsica paciente que ha pasado durmiendo los últimos años, y cuyo sueño se relaciona con los eventos en la torre. Una serie de acontecimientos enlazados (que el antiguo jefe de los muchachos en los servicios de defensa entregara la carta a Hikori y notificara a Takuya del evento) pone de manifiesto los extraordinarios eventos entre dimensiones, descubre que Sayuri es la paciente misteriosa y reactiva la torre luego de un silencio de tres años (al mismo tiempo que Hikori es herido en una operación en la isla de Hokkaido).
Ojo! Spoilers!
En una mezcla entre la realidad, las dimensiones y el mundo de los sueños, los dos amigos se debaten entre la ética de salvar a Sayuri o evitar que el mundo sea destruido (porque cada intento por despertarla provoca que el evento en la Torre se expanda). Al final, Hiroki convence a su amigo, terminan el proyecto de la nave y sustraen a Sayuri del centro de investigación para traerla al mundo de los vivos. Aprovechando la declaratoria de guerra entre la Alianza y la Unión, Hiroki vuela el Velacielo hasta la torre, lo que le permite a Sayuri recuperar la conciencia. Pero al hacerlo, ella se percata de que todo lo que ha soñado (incluyendo su naciente amor por Hiroki) se convertirá en un recuerdo borroso al despertar. Cuando abre los ojos en la cabina de la nave, ella llora entristecida ante la perdida de sus recuerdos y de su amor. Pero mientras se alejan de la torre (y le lanzan una bomba que recrea su destrucción del principio de la película); Hiroki le promete que no importa lo que cueste, reiniciará su relación con ella.
