Luego de un misterioso evento que descompuso computadoras en una ciudad no mencionada de Japón y tras numerosos rumores sobre un Shinigami que ha estado rondando la localidad haciendo desaparecer a varios estudiantes; Moto Tonomura padece un período difícil en el Colegio Hijiridani. A pesar de ser introvertida y con trazas de ser obsesiva-compulsiva; Moto hace todo lo que le diga su amiga Yazuko Suzuki. Pero el problema es que ella siempre había albergado sentimientos hacia su compañera, los cuales se vieron destrozados al descubrir que a ella le gustaba un compañero de preparatoria, Masami Saotome. Este desaparece después del evento, unos días después del evento se encuentra con su amigo y le confiesa sus sentimientos. Lamentablemente para ella, este ya no es más su amado sino una Manticora que debe consumir humanos para sobrevivir. Ella es salvada por la oportuna aparición de Boogiepop, que aleja a la criatura y la deja con su vida.
Ojo! Spoilers!
La historia pasa al punto de vista de Hisashi Jonouchi; un ambicioso joven que desea ser un héroe pero que es detectado con un cáncer en los huesos cinco años atrás. Por consejo de la Dra. Kisugui este recibe una droga experimental que para el momento del evento del pilar de luz activa un poder latente; ver las cosas que ocasionan pesar en el corazón de las personas en la forma de insectos que aprisionan el alma. Este se vuelve adicto a devorar los insectos, robando a las personas su identidad. Esto llama la atención de la estudiante Nagi Kirima, que lo persigue al descubrir lo que ha hecho. Esto atrae tanto a Boogiepop como a Manticore, la cual termina por hacer desaparecer a Jonouchi ante la extrañeza de sus excompañeros.
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Durante el mismo período de tiempo, Misuzu Arito sobrevive esparciendo su moto de vida, vive y ama todo lo que te suceda tal como si fuese lo último. Llamada Panuru por sus compañeras, ella es una gran amiga de Megumi Toyama, que la acompaña por doquier. Sin embargo, el contacto con Manticora (con el cual colabora) lleva a la llegada de Boogiepop, con la que descubre la verdad sobre su vida. Hace cinco años, Megumi cayó víctima de un asesino y ella no ha podido superar esta muerte. Mientras se lamenta por la desgracia de su memoria, ella es asesinada por un misterioso oficial de policía que se lleva su cuerpo aparte.
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Yogi Suganuma es un estudiante mediocre con un padre obsesionado por la grandeza. Él trabaja medio tiempo para pagarse sus futuros en diseño gráfico. Sin embargo, se ha enamorado de un personaje que ha diseñado para un juego de video. Durante una entrevista el conoce a Rie Sato, una estudiante de preparatoria que busca trabajo; y la realidad se comienza a mezclar con la ficción en su mente. Una compañera lo vuelve adicto a la droga Tipo-S, que va destruyendo su mente y su cordura. Cuando sus avances hacia Rie provocan su despido, este pierde por completo la cabeza y debe ser retenido por dos policías para ser puesto a las órdenes de un instituto médico.
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Después de ver la conversación de dos policías que atienden el caso de la muerte de una señora mayor (donde aparece la foto de una niña que ahora sabemos que se llama Manaka), Suema Kazuko decide investigar la verdad sobre la existencia de Boogiepop. Esto la lleva a contactarse con la legendaria Nagi Kirima, que le explica lo que sabe y le pregunta sobre una compañera; Touka Miyashita. Llevada por el instinto, ella va al hospital donde encuentra a Manaka, que por medio de una mariposa la hace recordar el pasado de Touka (una niña enferma que cree que fue poseída hace cinco años). Allí también encuentra a Touka, con la que entabla una amistad sincera. pero de la cual recibe una advertencia críptica que la vuelve aún más interesante a sus ojos.
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La historia vuelve a Sachiko Wakasa, una mujer mayor que vive sola en su casa. Gracias a una amiga de su hija ella recibe el diario de su hija Shizue, fallecida hace cinco años. Shizue era una muchacha amistosa y simpática, pero que la muerte de su padre marcó decididamente. Debido a la situación en que quedó su familia, Sachiko tuvo que conseguir empleo y tuvo una relación con un compañero de trabajo. A partir de ese momento Shizue odió a su madre y el acto sexual le produjo una repulsión física enorme. Consciente de este problema, ella se interna en el hospital donde conoce a la madre de Manaka, visiblemente embarazada. Ella permite que la Dr. Kisugui la inyecte con una droga experimental para resolver su problema, pero esto la vuelve blanco de una criatura devoradora de hombres que destruye su cuerpo hasta dejarlo irreconocible. Cuando ocurre el evento del pilar, su espíritu aparece frente a su madre y ambas hacen las pases antes de que su hija desaparezca.
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Sayoko Oikawa es una amorosa y dedicada hermana, pero su hermano Mamoru se ha tornado abusivo y distante con respecto a ella. Lamentablemente, este se decepcionó mucho cuando su padre no se presentó a una obra del Flautista de Hamelin y al entrar en bancarrota por la construcción del Parque de Diversiones Paiseley este comenzó a obsesionarse con deshacerse de las cosas. Durante el evento del pilar este adquiere el poder de herir a las personas y destruirlas en caso de que no sean necesarias, pero le provoca una severa reacción física. Durante su visita al hospital él conoce a Manaka. Ambos hermanos van al parque abandonado, donde Manaka separa al flautista del muchacho. Este es atacado por el oficial Morita (uno de los policías que es un Eco), pero con la vista su hermana lo destruye. Allí es cuando Sayoko descubre que ella es la que le daba sus poderes a su hermano. Ambos permanecen en el parque hasta que Boogiepop los hace desaparecer.
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La historia pasa a Kichida Ichirou, un reportero que investiga una organización secreta que ha estado ocultando los asesinatos de hace cinco años. Este se pone en contacto con Nagi Kirima, una estudiante convertida en investigadora que resultó estar en el centro de los acontecimientos hace cinco años. A ella se le parece mucho a un detective que conoció por esas fechas, Shinpei Kuroda; el cual le ayudó durante ese momento difícil de su vida. Entre ambos investigan el hospital, donde ambos se encuentran con la madre de Manaka, la cual sufre de amnesia debido a una fiebre durante su embarazo. Lamentablemente, la investigación lo enfrenta a la Manticora, que es eliminada por Boogiepop. El periodista vuelve a Tokyo con la idea de que Nagi hará lo posible por investigar los acontecimientos que rodean todo este problema.
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Durante la misma fecha, muchos estudiantes han comenzado a reunirse en el Parque Paiseley; para tratar de escapar de sus vidas rutinarias. Esto provoca varios casos de suicidio y algunos comportamientos extraños que llaman la atención de Nagi Kirima. Ella se presenta y conoce a los gestores del problema, Manaka que es acompañada por el flautista que ahora es conocido como Pom Pom (en honor a una historia infantil de una muchacha que se ha presentado en el lugar). Cuando intenta usar su poder sobre Nagi le resulta imposible porque ella ha madurado por el sufrimiento al que se ha visto expuesta (ella fue salvada por el detective). El evento llama la atención de Boogiepop, que provoca que Manaka pierda la concentración, exponiendo la verdad. A pesar de tener cinco años, Manaka parece tener más de sesenta. Esto es porque su cuerpo físico fue asesinado por su abuela. Boogiepop convence a Pom Pom de retirarse y persigue a Manaka hasta que finalmente la convence de dejar este mundo. Ella visita por última vez a su madre, agradece haberla traído al mundo y se despide en múltiples mariposas.
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Pasan dos años desde el evento, la amistad entre
Touka y
Suema se solidifica. Ellas deben viajar a
Tokyo para presentar las pruebas de la universidad, pero durante el intermedio
Touka desaparece. Por su parte,
Boogiepop se encuentra de nuevo con el periodista, al cual le dice la verdad. Él es en realidad
Shinpei Kuroda, que fue asesinado durante el evento del pilar junto con
Masami Saotome. El evento provocó una distorsión electromagnética que trajo las irregularidades llamadas Ecos al mundo. La razón por la cual resucitó es porque él poseía poderes al igual que la mayoría de los niños en la historia.
Boogiepop ha venido por la
Manticora, que depositó una parte de si misma en el joven. Este se sacrifica y
Boogiepop los destruye a ambos con un pulso electromagnético. Luego, esta se lamenta porque ha interferido en el futuro de
Touka.
Souma pasa las pruebas pero
Touka reprueba sus exámenes de admisión. Al final, luego de la graduación
Souma se reúne con
Nagi Kirima y
Touka para decidir que será de ellas en el futuro.
