Después de los eventos de Final Fantasy VII, el Lifestream destruyó por completo la tecnología de Shinra para usarla como base de su tecnología. La sociedad está destrozada, pero aún así las cosas deben seguir funcionando. Tifa Lockhart, ahora dueña de un restaurante, recibe una llamada y envía a su amigo Cloud Stryfe a una cita con el líder de Shinra, Rufus Shinra. Este le pide al héroe que detenga a la banda de Kadaj, manifestaciones espirituales de Sephiroth que buscan a Jenova para poder resucitarlo y llevar a cabo sus planes. Cloud se niega tajantemente y se retira.

Lamentablemente la banda de Kadaj no le permite quedarse de brazos cruzados. Loz va a buscar a Cloud a la iglesia de Aerith, para encontrarse con Tifa y Marlene. A pesar de una dura lucha, Tifa es derrotada y su amiguita Marlene es secuestrada junto con la materia que guardaba Cloud. Por su parte, Kadaj y Yazoo reclutan a los niños con estigma; y todos son llevados a la Ciudad Prohibida. Cloud va detrás de ellos, pero la presencia de los niños le impide al joven desplegar sus poderes y es sometido con facilidad por los tres espíritus. Es gracias a Vincent, su viejo camarada que puede escapar junto con Marlene. Cloud se lamenta porque es producto de sus pecados lo que está sucediendo, pero ante el consejo de Vincent que lo enfrente que este decide regresar a la ciudad para pelear.

En la ciudad, Kadaj utiliza la materia para invocar a Bahamut SIN para someter a la ciudad a su voluntad. Esto atrae de nuevo al viejo grupo de Final Fantasy, que enfrentan a la invocación y salvan a la ciudad. Por otro lado, Kadaj enfrenta al Rufus, el cual le presenta una caja con los restos de Jenova; los que usa para emboscar al muchacho. Este recupera los restos (aunque con un balazo del presidente) y huye con ellos a otra parte de la ciudad, seguido de cerca por Cloud. Este logra vencer a Loz y Kazoo tras una dura lucha (con algo de ayuda de los inútiles Rude y Reno); para finalmente enfrentar a Kadaj. En la lucha este Cloud destruye la caja, pero no puede evitar que el muchacho la active, invocando a su viejo enemigo Sephiroth.

La lucha entre Sephiroth y Cloud es brutal, violenta y épica. Lamentablemente es Cloud el que lleva la peor parte, más después de haber perdido el estigma que lo había atormentado desde el final del juego. Cuando Sephiroth se regodea de su victoria (¡Dime que es lo que más amas para destruirlo!), Cloud lo sorprende con la técnica de espadas de sombras. Herido de muerte, Sephiroth abandona el cuerpo de Kadaj, que se disuelve ante la lluvia de Lifestream que limpia su estigma. Mientras sus compañeros celebran, Loz y Kazoo atacan a traición a Cloud y juntos explotan por los aires.

En el limbo, una par de voces convencen a Cloud de que su deber es quedarse. Este despierta en la laguna donde enterró a Aerith, completamente recuperado de daño, para la felicidad de Tifa y su equipo. Este usa el agua para curar el estigma del hermano de Marlene, Denzel; conforme los huérfanos se hunden en el agua este presencia la imagen de su mentor Zack Fair y de Aerith Gainsborough, ambos camaradas caídos tanto tiempo atrás. Ante las palabras de ánimo de su amiga (Ves que todo salió bien!) Cloud reconoce finalmente que no está solo.