Oliver May es un teniente asignado a una nave de transporte especializada en probar modelos nuevos de combate. Como el contacto principal con uno de los principales interesados de estas nuevas armas, él debe encargarse de preparar los informes correspondientes a los resultados de sus experimentos. Pero con el comienzo de la Guerra de un Año, la tranquilidad que reinaba en la nave Jotunheim se ve interrumpida con el traslado de la brillante pero inquietante capitana Monique Cadillac. Con su llegada, en base a esta nave se forma la unidad 603 de Investigación, que debe probar el cañón Jormungand. Luego de observar la Operación British (el lanzamiento de una colonia a la Tierra), la oportunidad se presenta durante la infame Batalla de Loum (la primera vez que es puesta en escena esta famosa batalla), cuando el cañón queda en espera para probar su valía. Sin embargo, los Mobile Suit roban la escena y se convierten en el arma decisiva por el resto de la guerra. Lamentablemente, el cañón dispara antes de tiempo y queda en la mira de un crucero Magallanes. El cañón lo destruye sin problemas, pero el jefe artillero Aleksandro Hemme paga el precio máximo por su triunfo.

Ojo! Spoilers!

La siguiente asignación de la Jotunheim es probar un Mobile Armor, el Hildolfr; un tanque con un torso de Mobile Suit integrado en su fuselaje. El sujeto para el experimento es el mayor de artillería Demeziere Sonen, un respetado oficial que ha quedado relegado debido a su incapacidad de tripular y maniobrar Mobile Suits. Drogadicto, adicto y una sombra de lo que era, este tiene fuertes encuentros con Monique. Sin embargo, durante el descenso ellos descubren que un grupo de la Federación ha capturado varios Zakus y está destruyendo los sitios de abastecimiento haciéndose pasar por unidades de Zeon. A pesar de todo, la habilidad de Sonen como artillero y la valía del Hildolfr se hacen sentir cuando en solitario dispone de cinco Mobile Suits y cuatro tanques. Pero lamentablemente este queda expuesto y un disparo a quemarropa acaba con la vida de Demeziere.

Ojo! Spoilers!

Hacia finales de noviembre, la guerra se ha puesto en contra de Zeon. Enfrentando el fracaso en Odessa, Zeon pone sus esperanzas en una nueva arma, el EMS-10 Zudah; un Mobile Suit especializado en penetración rápida y alta maniobrabilidad. Pero durante las pruebas del equipo, la unidad 603 pierde a uno de sus miembros debido a que la integridad estructural del Mobile Suit se ve comprometida cuando su fuente de poder es llevada al límite, lo que provoca una desintegración explosiva del aparato. Debido a que Zeon lo ha usado como propaganda (lo proclama el nuevo Mobile Suit de la siguiente generación), la Federación expone su verdadera historia. El Zudah era el competidor del Zaku, que perdió justamente por el mismo desperfecto. Esta nueva versión no ha sido ni corregida ni revisada, y el principado ha quedado humillado debido al fracaso.

Ojo! Spoilers!

Lamentablemente la Jotunheim se ve obligada a participar en la recuperación de los sobrevivientes de Zeon que han escapado de la batalla de Odessa. Enfrentados entre la espada y la pared, Monique y Albert Schacht acompañan al piloto de pruebas Jean-Luc Duvall con los Zudah para defender a las tropas de los elementos de la Federación que intentan destruirlos. A pesar de las burlas, el Zudah sobrepasa a los MS-Ball que envía la Federación, pero con la llegada de un escuadrón de GM, Jean-Luc se pone de señuelo y los atrae a punta de velocidad para alejarlos del punto de recuperación de las tropas. A pesar de los esfuerzos de Monique por rescatarlo, el Zudah del piloto de pruebas se desintegra, junto con los GM que los persiguen, exponiendo esta debilidad fatal en los elementos de la Federación. Debido a la humillación sufrida, los dos Zudah restantes quedan asignados al Jotunheim, por lo cual el transporte se convierte en una nave de combate y pierde cualquier posibilidad de escapar ilesa de la guerra.

Ojo! Spoilers!

Conforme Zeon se retira en todos los frentes, la unidad 603 debe participar de una de las maniobras más extraordinarias jamás ideadas por el principado. Debido a que la mayoría de los cruceros son lanzados desde Jaburo, se idea una estrategia para lanzar desde la órbita un Z'Gok con tecnología de descenso añadida a su fuselaje. Esta tendría integradas varias armas de destrucción que evitarían que se siguieran lanzando naves desde esta región. La Jotunheim lleva a cabo estos lanzamientos, con el marino Werner Holbein a cargo de pilotear el prototipo. Luego de dos escandalosos fracasos (el primero por no apuntar bien y el segundo por recibir disparos de artillería antiaérea desde la superficie), el tercer lanzamiento es un éxito a pesar del esfuerzo que hace la Federación por interceptarlo. Con un cañón láser de rayos (Kuhblume) el modelo destruye cinco cruceros Salamis y uno Magallanes del tipo de oficiales. Pero cuando va a ser recuperado, dos Core Boosters 2 lo derriban junto con el Gaw asignado para su recuperación.

Ojo! Spoilers!

A finales de diciembre la guerra ha dado un giro para lo peor. La Batalla de Solomon (ocurrida en Navidad del año 79 UC) ha quebrado la capacidad de combate de Zeon y lo ha dejado sin sus mejores pilotos y elementos de combate. El Coronel Herbert von Huspen llega a la Jotunheim con la misión de probar un arma desesperada del principado, el Oggo, la versión de Mobile Pod del principado en respuesta al MS-Ball de la Federación. Para su consternación este recibe sólo novatos para probar esta nueva tecnología. La consternación se vuelve desesperación en el caso de Monique, que ve como su hermano Erwin Cadillac se ha convertido en uno de los cientos de niños soldados que el principado ha tenido que lanzar al combate para evitar el desastre. Conforme la Federación se acerca al asteroide A Baoa Qu y Zeon activa el Solar Ray System (que desintegra una parte de la Flota Federal), la Jotunheim se dirige a la ciudad de Granada en la Luna, donde lleva a cabo una acción disuasiva para contener a los refuerzos de la Federación que vendrán desde este asteroide. Allí, se le ordena a Erwin y otros dos compañeros a tripular el Oggo en combate. A pesar de todos sus fallos y problemas, el Oggo resulta superior al Ball, con cuatro derribos a cambio de dos pérdidas y una captura por parte de Erwin. Pero cuando regresa a la base, ambos son derribados por cruceros de la Federación, que a su vez son derribados por los refuerzos de Zeon provenientes de la Luna al mando de Kycillia Zabi. Monique queda destrozada por la inoportuna muerte de su hermano.

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No hay tiempo para lamentarse. Desesperados por la escases de soldados, la Jotunheim recibe órdenes de dirigirse al sector E de defensa del asteroide A Baoa Qu y reciben como refuerzo el Mobile Armor Big Rang, un derivado del Big Zam que ha sido constituido a prisa para ser usado en batalla. Sin la mobilidad de su predecesor y con un grave defecto en su funcionamiento que hace muy lenta su recarga, es labor del teniente Oliver May pilotearlo en combate. A pesar de que jamás ha piloteado nada en combate, el teniente y los cadetes en los Oggo hacen un trabajo maravilloso defendiendo el sector E contra la primera ola de la Federación, destruyendo innumerables Mobile Suits y cruceros de la Federación. Pero con la caída del asteroide, el punto E se convierte en el único punto de acceso de la flota en retirada para regresar al Side 3. Luego de una tensa situación entre el capitán Martin Prochnow, el Coronel von Huspen y la capitana Cadillac, los dos oficiales de fuerzas especiales deciden salir a combatir para reforzar su sector. Aunque el Big Rang y el MS-Gelgoog del coronel son destruidos en combate, la Jotunheim logra defender el sector con éxito. Además de esto, la Zudah de la capitana Cadillac regresa con los Oggo sobreviviente y un teniente Oliver May más maduro, que al fin logra comprender el sufrimiento de los pilotos que ha enviado a su muerte porque él también ha vivido el infierno de la guerra.

La vida en la isla Tatsumiya(jima) se puede describir en una sola palabra, aburrida. Kazuki Makabe se prepara como todos los días para ir a clase con sus amigos. Por su parte, Maya Tomi visita a su amiga Shouko Hazama, que debido a la fragilidad de su cuerpo no puede salir al exterior ni ver a sus amigos de infancia. Por su parte, Soushi Minashiro regresa de un viaje al exterior, por el cual todos preguntan en la escuela. Sin embargo las cosas no son como parecen. Cuando aparece un modelo de una unidad desconocida (que los alumnos llaman Festum), los adultos se activan para tratar de evitar que alcance la isla con un sistema de defensa de última tecnología. Sin embargo, la unidad va destruyendo las defensas, mata al piloto de pruebas original de Fafner y se ven obligados a usar los servicios de Kazuki, que se encuentra a resguardo en un refugio antiaéreo. Este monta en la unidad, el Fafner Mark XI, con el cual derrota al Festum tras un gran esfuerzo.

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Lamentablemente, esto descubre el secreto de la isla. Hace 30 años, estas criaturas extraterrestres atacaron el mundo, siendo su punto de ingreso las islas de Japón, las que desaparecieron durante las primeras escaramuzas. Debido a la necesidad, los adultos seleccionan a un grupo de defensores de entre los muchachos, los cuales son convocados para entrenar en el uso de los robots y prepararse para su despliegue en batalla. Lamentablemente, las Naciones Unidas se percata de la existencia de los Fafner y exigen la entrega de un modelo. El día acordado, los Festum llevan a cabo dos ataques coordinados, por lo que Shouko debe sacrificarse para destruir al segundo atacante, que desaparece en el infinito junto con ella.

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La muerte afecta a los futuros pilotos, en especial a Kouyou Kasugai, que comienza a mostrar graves problemas de coordinación y desobediencia en el campo de combate. Debido a una exploración, el equipo de ALVISS descubre una isla con componentes parecidos en el Pacífico. En una operación secreta a cargo de las Naciones Unidas, un equipo infiltrado logra rescatar información de su núcleo, pero el Festum que lo defiende intercepta y amenaza a los Fafner. Maya y Seichiro rescatan la información, pero Souchi le ordena a Kouyo que rescate a ambos, mientras activan el sistema de autodestrucción de la isla. Todos escapan, pero a pesar de los mejores esfuerzos de Sakura pierden a Kouyou, que es asimilado por los Festum.

Ojo! Spoilers!

Debido a las bajas se lleva a cabo un nuevo llamado, tras lo que ingresan dos nuevos pilotos; Kenji Kondou y Mamoru Koudate, los cuales se incorporan a la defensa de la isla. Sin embargo, las constantes peleas cobran su cuota sobre Kazuki, que convencido por la espía Yukie Kariya se deja capturar por las Naciones Unidas. Allí conoce a dos pilotos de Fafner, Michio Hino y Canon Memphis; así como el primer encargado del proyecto, Youji Hino. De las conversaciones entre Michio y Yukie aprendemos que ellos eran compañeros en la isla, junto con la hermana de Maya, Yumiko. De las conversaciones con el Dr. Hino se descubre que el primer ataque de los Festum fue en Japón, donde todas las mujeres quedaron esterilizadas. Esto obligó a la formación de embriones artificiales, de los cuales todos los niños provienen desde la primera generación. Todos los pilotos originales de Fafner (los jóvenes veinteañeros) murieron durante las pruebas iniciales, pero sus pruebas le dieron oportunidad a los niños, todos son producto de la fertilización in vitro.

Ojo! Spoilers!

Encontrándose en posesión del Mark XI, el doctor Youji Hino logra reunir datos suficientes junto con la ayuda de Akane Makabe (integrada a los Festum) para desarrollar un nuevo modelo, el Fafner Sein (Existencia). Pero los Festum decidieron que tenían suficiente de esto e invaden el complejo de Moldava. Mientras Maya y Seichiro van a rescatar a Kazuki, las Naciones Unidas toman la isla. Una lucha de tres frentes se lleva a cabo en ambas locaciones, donde la UN controla la isla pero pierde el núcleo que despierta y sale al exterior. En Moldava, los humanos pierden la base, pero Kazuki recibe el nuevo Fafner gracias a su madre. Cuando los Festum intentan integrarlo, este modelo se resiste y regresa a la isla justo a tiempo para evitar su caída ante el ataque Festum.

Ojo! Spoilers!

La paz se impone lentamente en la isla, aunque medio interrumpida por un almirante no deseoso de aceptar la pérdida de ese activo. Al equipo se integran Michio (que reasume su relación con Yumiko) y Canon (la cual queda bajo el cuidado de la madre de Shouko, Youko) y Tsubaki Minashiro (el núcleo y la hermana de Souchi). Los nuevos pilotos realizan actividades para integrarse, mientras resisten los incesantes ataques de los Festum. Para el festival de las candelas, Kouyou despierta y todos descubren que existe un fraccionamiento en los Festum. En lugar de ser una entidad con un consciente colectivo, ellos comienzan a mostrar individualidades e independencia, lo que permite al muchacho poseído evitar la asimilación y establecer su identidad.

Ojo! Spoilers!

Lamentablemente, los constantes ataques comienzan a cobrar sus víctimas. La primera en caer es Sakura, la cual ve su sistema nervioso completamente asimilado. Luego de esto, durante una batalla particularmente tensa con un nuevo modelo de Festum cae Mamoru Kodate, que se sacrifica para destruirlo y evitar la asimilación del cuarto de control (el cual es controlado por Souchi). Por otro lado, durante las pruebas del modelo Fafner Nicht, los Festum toman posesión del modelo y atacan la isla. Tras una horrible carnicería en la que mueren tanto adultos como pilotos, el Fafner Nicht se lleva el módulo valquiria y deja a Kazuki devastado por la perdida.

Ojo! Spoilers!

Para la sorpresa de todos, el Festum que toma posesión de Akane revive de su asimilación. Con su ayuda, la isla prepara un contraataque conjunto con la humanidad. Denominada Operación Azure, se integran los diferentes conscientes de las cabinas por medio de la tecnología Valkiria. La misión es rescatar a Souchi, que se combina con el ataque de las Naciones Unidas. En la batalla final, los cuatro muchachos logran dar con la fórmula para la integración pacífica con los Festum, los cuales son formas basadas en sílice y tras una lucha directa con el Fafner Nicht rescatan a Souchi. Con su guía, ellos destruyen el núcleo de los Festum que trata de escapar al espacio, pero cuando se retiran el Fafner Nicht se lleva al Fafner Sein, al cual trata de desintegrar. Se requiere de un esfuerzo monumental de Kazuki (el cual queda casi integrado al consciente Festum) para poder volver a su consciente. Lamentablemente esto es demasiado para Souchi, que muere en el camino de regreso a la isla, así como la asimilación final de Tsubaki al final de su vida útil. Aún con las pérdidas, la esperanza de la nueva vida deja a la espera a Kazuki, que es recibido por Maya.