La historia comienza en la época Tokugawa (posiblemente a principios del siglo XIX). Fuu, una agradable y hermosa mesera de una localidad a las afueras de Edo tiene dificultades para Fuu continuar con su vida y su trabajo, cuando el hijo del señor feudal llega con sus hombres al negocio. Al mismo tiempo, un vagabundo entra el local y le ofrece defenderla de ellos a cambio de cincuenta dangos. Ella lo desestima, pero como es torpe por accidente derrama la comida y la bebida encima del hijo del señor feudal. Cuando le van a cortar el dedo para pagarse la afrenta, ella ofrece cien dangos al vagabundo para que la ayude. Este se deshace de los mal vivientes (mutila a uno, mata a dos y amenaza al hijo del señor feudal), pero llega el que parece un guardaespaldas del señor feudal. Ambos pelean dentro del local que es incendiado por el hombre mutilado y el hijo del señor feudal muere en el siniestro.

Ojo! Spoilers!

El señor feudal captura a ambos guerreros y los tortura. Durante este momento ambos se conocen, Mugen es el vagabundo que ayuda a Fuu y Jin es quien mató a los guardaespaldas del señor feudal. Para la sorpresa de ellos, la joven llega para tratar de sacarlos de su lío a cambio de que la protejan en su búsqueda de un hombre, el samurai que huele a girasoles. A pesar de un primer intento fallido y su casi ejecución, los dos criminales matan al señor feudal y con la ayuda de Fuu escapan de la localidad. Debido a su ayuda (y a una apuesta) ellos quedan comprometidos a apoyarla en su búsqueda del samurai que huele a girasoles.

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Durante el camino van quedando claras varias cosas. Mugen es un mujeriego (lo cual por poco le cuesta la vida) y Jin es un espadachín dedicado a su arte. Luego de deshacerse de quien incendió el local (que contrató los servicios de un samurai, de una prostituta y un monstruo), los hombres hacen el primer intento de escaparse de la vista de Fuu. Lamentablemente, Mugen y Jin terminan como guardaespaldas en equipos opuestos en una disputa de Yakuzas. Durante la disputa, la impetuosidad del hijo de uno de los clanes Yakuzas en rescatar a su maestra (que ha sido vendida a la prostitución) provoca una tragedia, donde su padre se suicida para pagar su deuda y el líder del clan contrario pierde la vida en manos de su guardaespaldas (que queda decepcionado por su falta de escrúpulos). El grupo parte, pero antes de esto Mugen tiene un duelo de espadas honorable con el guardaespaldas.

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Durante los siguiente episodios, el grupo enfrenta un problema de trata de mujeres (en la que hacen un retrato de Fuu desnuda en un Ukyo-e para después de secuestrarla), de enfrentar una situación curiosa en Edo (donde por perder un concurso de comida quedan en manos de un diplomático holandés homosexual) y de enfrentar a un ladronzuelo que se queda con un poco de opio (que de paso le roba el dinero a Fuu) y un extraño cazarrecompensas bocón que anda buscando a Jin (donde también se da una pista de que en su pasado Jin asesinó a su maestro), hasta que finalmente llega al punto de control de Edo.

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Debido a que usan documentación falsa, son detenidos y condenados a muerte. Pero debido a un malentendido Mugen es asignado a una misión (regresar una cabeza para reclamar una recompensa) que lo hace tropezarse con un grupo que desea revelarse contra el gobierno usando una planta que produce un estado de euforia (marihuana). Lamentablemente para sus amigos Mugen no cumple la misión encomendada pero debido a que en la pelea se quema la plantación, los guardas que los van a ejecutar quedan demasiado drogados para proceder y el pequeño grupo puede pasar el punto de control con tranquilidad.

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Con una pista del diplomático holandés, los muchachos comienzan su viaje hacia Nagasaki. De camino, debido a su pobreza, ellos deben tomar refugio en un templo budista (donde Mugen entrena y se prepara para combatir a un samurai que usa el kii para atacar); y a pasar en un poblado la temporada de lluvia (donde Jin se enamora de una mujer casada entregada a un prostíbulo para pagar la deuda de su esposo). Luego de esto, durante un descanso los guardaespaldas de Fuu leen su diario, donde relata las aventuras que han pasado hasta la mitad de temporada desde el punto de vista de la joven.

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Finalmente, cerca de la región de Hiroshima, el grupo llega al mar; donde el pasado alcanza a Mugen. Un grupo de piratas liderado por Mukuro hace que él tenga un atisbo de su pasado, donde este lo traicionó para quedarse con su hermana Koza. A pesar de saber la clase de persona que enfrentaba, Mugen acepta volver a trabajar para Mukuro, que vuelve a traicionarlo para quedarse con el oro del shogunado en complicidad con el representante feudal. Mugen es dejado a morir, pero Koza (que tiene otros planes), convence a Jin de matar a Mukuro. Mugen sobrevive el atentado y debido a que por preceptos samurai el no puede matar al representante feudal, deja esa tarea a Mugen, el cual lo asesina a sangre fría y perdona a Koza para que viva el resto de su miserable vida sola.

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Luego de que las fortuna les sonríe (literalmente encuentran una fortuna), el grupo queda enredado en un complot contra el shogunado (el cual Mugen ayudan a detener de la forma más singular a cambio de los favores sexuales de una hermosa kunoichi de nombre Yatsuha), durante su caminata hacia Nagasaki ellos tienen una severa discusión y se dividen. Jin es alcanzado por un viejo colega de dojo que desea vengar la muerte de su maestro (al cual Jin no desea enfrentar matar), Mugen se enfrenta a un arquero de Hokkaido al cual relaciona con un cadáver. Cuando Fuu cae por accidente al río, este guerrero la rescata y se identifica como Okuru, un guerrero que perdió a su familia y su aldea cuando el shogunado la destruyó para evitar un brote de plaga. Este venga a su familia cuando asesina al encomendado por el señor feudal, pero envuelto en llamas cae a un acantilado mientras Mugen responde con seguridad que el continúa con vida y volverá a verlo (y dejándonos cruzando los dedos por la siguiente temporada).

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Luego de servir como árbitros en una disputa artística entre hermanos (donde gana Mugen escribiendo infinito en el castillo de Hiroshima) y de combatir a un charlatan cristiano de la región de Nagasaki (donde su víctima más importante le da finalmente una pista sólida de a quien debe buscar); el grupo se encuentra con una cantante ciega en el camino. Ella los acompaña a cambio de protección y los cuatro pasan momentos muy agradables. Pero cuando llegan hacia el final de su viaje, Sara (la cantante) le pide a Fuu que alguno de sus guardaespaldas la acompañe. Ella escoge a Jin, pero cuando llegan a un puente ella lo ataca y lo hiere. Resulta que ella es una asesina del Shogunado y debe encargarse de ambos rivales. Luego de pelear con Mugen (y perdonarle la vida por intercesión de Fuu), ella descubre que la herramienta que usan para amenazarla (su hijo) ha estado muerto desde hace tiempo. En su siguiente pelea con Mugen (el cual ha recibido un buen consejo de Jin) ella se deja matar para reunirse con su hijo. Esto provoca una gran tristeza en Mugen que se lamenta de matar a su primer enemigo.

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Conforme llegan a Nagasaki, el grupo de caminantes se tropieza con una excavación inusual (donde se combinan zombies, meteoritos y leyendas de ultratumba) para luego intervenir en una disputa para evitar la invasión de Japón por los americanos (donde de forma magistral hablan de forma ficticia del pasado del deporte favorito de la isla del Sol Naciente). Finalmente ellos pasan Nagasaki, y durante un descanso en el camino los muchachos comentan un secreto que los consume. Luego de confesarse, Fuu se lamenta de que el viaje esté a punto de terminar y cuando llegan a su destino los manda a comprar algo con una excusa para dirigirse a la isla y reencontrarse con su padre. Pero las cosas no son tan fáciles como parecen. El samurai que huele a girasoles es el padre de Fuu, Kazumi Seizo, uno de los protagonistas de la rebelión cristiana de Shimbara. Por esta razón, el shogunado desea deshacerse de él, pero en algún momento le perdió el rastro. Durante todo este tiempo el gobierno ha seguido los pasos de la joven y trae a Mariya Enshirou para encargarse de ambos guardaespaldas. Al mismo tiempo, tres hermanos con la pista del shogunado se acercan peligrosa a Mugen para cumplir su venganza. Al fin Mariya intercepta a los muchachos y enfrenta a Jin en una pelea uno contra uno (lucha que pierde Jin). Por su parte, luego de eliminar al menor de los hermanos, Mugen debe ir a rescatar a Fuu, que fue secuestrada por los otros dos. Luego de cambiar lugares, este se queda a sufrir la tortura del hermano intermedio mientras Fuu se reúne con su padre.

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La reunión es sentida, llena de remordimiento y dolor de parte de Fuu. Lamentablemente, Mariya llega a cumplir su misión. Luego de matar a su padre (el cual le confiesa que siempre se ha arrepentido de haberla abandonado), él va a cumplir la misión de eliminar a sus familiares cuando Jin se interpone y lo enfrenta por última vez. Con una enseñanza prohibida de su maestro él logra derrotar al gran maestro de la espada, mientras Mugen dispone del hermano intermedio y es volado (literalmente) por el hermano mayor por los años. A pesar de todo lo sucedido, ambos espadachines sobreviven y tratan de honrar la promesa de su primer episodio, pero terminan rompiendo sus espadas y desmayándose.

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Mientras ambos se recuperan de sus pruebas, Mugen le confiesa a Jin que siempre ha vivido para matar a la gente más poderosa que él, pero que a él no tiene ganas de matarlo. Por su parte, Jin confiesa haber vivido por la espada hasta conocerlos a ellos. Luego de confesarse su amistad, lamentablemente los tres toman caminos diferente y se pierden en la inmensidad del Japón de su era, para la próxima vez en que se encuentren.