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Después de una breve introducción del vuelo del planeador, la serie vuelve a los tiempos modernos. Luego de una batalla en el espacio, un acto de insubordinación del teniente Isamu Alva Dyson lo envía a la Nueva Base Edwards en el mundo de Edén para servir de sujeto de prueba de un nuevo modelo de caza variable (se supone que como castigo, pero es algo que él desea). Lamentablemente, cuando desciende al planeta, se encuentra conque tiene competencia, en la forma del caza YF-21. Durante su presentación e integración a su equipo, él descubre para su sorpresa que el piloto rival no es otro que su antiguo amigo Guld Goa Bowman. Resulta obvio en su primer encuentro que ambos no se llevan para nada bien.

Ojo! Spoilers!

Mientras Isamu sale de paseo por la ciudad con una de las integrantes de su equipo de investigación (Kate), ambos comienzan a ver los anuncios del concierto que Sharon Apple llevará a cabo en Eden. Una ídolo virtual en la forma de una computadora generadora de hologramas combinada con un procesador de interacción a tiempo real, esta cantante se ha vuelto famosa en toda el área interna de las Naciones Unidas. En la rueda de prensa, su representante Myung Fang Lone desmiente los rumores de que la programación de Sharon está incompleta. Una antigua residente de Eden, ella va a visitar un risco (donde los jóvenes lanzaron el planeador), de casualidad se encuentra con sus dos amigos de la infancia, Guld e Isamu. Aunque Guld es protector y apoya a Myung, la reacción de su amiga indica que algo muy malo sucedió en el pasado de estos amigos. Lamentablemente, esto repercute en la prueba del YF-21, cuando por accidente Guld aplasta a Isamu cuando trata de brindarle asistencia en la prueba.

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Lamentablemente, los rumores de la conferencia de prensa son ciertos. Myung debe prestar sus emociones y reacciones sinápticas para que Sharon pueda cantar. Cuando Isamu asiste con el equipo técnico del YF-19 al concierto, la misma Sharon Apple filtrea con él. Luego del correspondiente regaño del equipo técnico, una amiga de Sharon la invita a un karaoke, con tal de curar la amistad rota entre los tres. Cuando la descubre, Sharon deja a su amiga y regresa al área de concierto. Pero un misterioso incendio (provocado y advertido por Sharon tanto a Guld como a Isamu) por poco le cuesta la vida a la joven representante. Myung se lleva a Guld a su habitación para curarlo y se queda con él toda la noche, mientras Isamu pasa más tiempo con Kate por despecho.

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La primera prueba de combate entre las unidades experimentales se convierte en una reyerta y una pelea a puños, donde Guld le dispara con munición viva a Isamu. Para sorpresa de los afectados, durante la investigación el caso es desestimado con mucha rapidez. Myung se queda con Isamu en el hospital, y cuando recobra el conocimiento lo acompaña en una salida para recordar viejos tiempos. Lamentablemente, al regresar ambos se encuentran con Guld y Kate. Los amigos se vana  los puños, lo que provoca una protesta amarga de Myung. Allí es donde Isamu habla y dice lo que sabe. El filtreo de Sharon era similar al que Myung le había hecho cuando eran más jóvenes. Él sabe que ella es el alma de Sharon, y negarse a reconocer su vocación es un acto de cobardía de su parte. Cada quien parte por su cuenta.

Ojo! Spoilers!

Cuando regresa al hotel, Myung es informada de que Sharon Apple ha sido invitada a tocar en la ceremonia del 30 aniversario de la batalla final contra los Zentraedi que se efectuará en la Ciudad Macross en la Tierra. Luego de instalar el último chip de procesamiento de personalidad necesario para independizar la voluntad de Sharon de la de Myung, el equipo parte de Eden. Él único que llega a despedirse es Guld, que le entrega como presente a su amiga la grabación de su canción ganadora del festival de la escuela. Esto lo hace llorar, por las amistades perdidas, los sueños rotos y todas las cosas que no han salido en su vida, así como el hecho de que posiblemente jamás volverá a ver a sus amigos.

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Lamentablemente la rivalidad entre los amigos toma un giro extraño. Ambos reciben la noticia de que ambos proyectos fueron cancelados a favor del X-9 Ghost, un UCAV con capacidades superiores de intercepción y ataque. Como este será presentado en la ceremonia den la Tierra, a Isamu (en complicidad con el técnico del YF-19) se le ocurre presentarse en la ceremonia para arruinar la presentación del Ghost. Como no existe otra nave capaz de alcanzarla en el Fold, Guld recibe la orden de tomar el YF-21, perseguir y derribar a su amigo, la cual obedece con cierto gusto.

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Durante la ceremonia de celebración, Sharon Apple toma completa conciencia de si misma. Para horror de la misma Myung, Sharon confiesa que ama a ambos pilotos, pero su corazón le pertenece a Isamu (tal como es obvio que sucede con Myung). Sharon encierra a Myung en la planta de poder mientras se adueña de los espectadores (por medio de su música) y del X-9. Por último, ella obliga a su manejador a suicidarse, para darle completa libertad de acción.

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Isamu y Guld pelean en la Tierra, entre la atmósfera baja, a ras del suelo y en el cielo. Finalmente, cuando Guld logra tener en la mira a su amigo, él recuerda lo que sucedió el día en que ellos se volvieron enemigos. Isamu y Myung tenían un momento romántico cuando él llego como mal tercio. Furioso (movido por sus genes Zentraedi) él derribó a Isamu y ataco sexualmente a Myung (lo que explica su reacción ante él). Frustrado, Guld se lamenta por recordar ese hecho justo al momento de matar a su amigo. Para su sorpresa, Isamu sobrevive el ataque de misiles planeando con su avión. Luego de reconciliarse, ambos planean ante el anochecer como testigo.

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Lamentablemente, el X-9 llega a aguarles la fiesta. Los dos pilotos atan las piezas (Sharon Apple está detrás de esto, Myung está en peligro), por lo que Guld deja que Isamu rescate a Myung mientras él enfrenta al X-9. Con la batalla perdida, Guld anula los controladores de fuerzas G del YF-21 y antes de que su cuerpo se desintegre él logra embestir al X-9, destruyendo ambas naves. Por su parte, Isamu llega a Ciudad Macross, donde encuentra al equipo técnico de la SDF-1 así como a los pobladores en un estado catatónico. Sharon activa las unidades antiaéreas de la super fortaleza e hipnotiza tanto al técnico como a Isamu. Pero cuando Isamu está a punto de estrellarse, este escucha a Myung cantando y recupera el conocimiento. Con la información del punto débil de Sharon, él pasa la barrera antiaérea, se estrella en el cuarto de comunicaciones y lo destruye junto con Sharon.

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Myung sobrevive el impacto. Sola en la cubierta panorámica de la Macross, se lamenta sobre el sufrimiento que ha traído Sharon a todos (dado que es el reflejo de sus mismos deseos y anhelos). Para su alivio, ella es iluminada por los reflectores del YF-19. Isamu, que ha sobrevivido milagrosamente, la saluda y esta sonríe ante la vista del nuevo día.

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