Ya ha pasado un largo mes desde que la SDF-1 escapó de la Tierra debido a un salto fold de emergencia. Los Zentraedi han estado atacando de forma constante la nave, sin embargo siguen intrigados por la forma en que los micronianos expresan su cultura. Esto se vuelve aún más difícil con la constante amenaza de las Meltrandi, las versiones femeninas de los Zentraedi. Durante un ataque en las cercanías de Saturno, un equipo de asalto zentraedi ingresa en el SDF-1 y Hikaru Ichiyo del escuadrón Skull los persigue a pesar de las ordenes de la comandante de cubierta Misa Hayase. Por casualidad los infiltrados llegan hasta el área donde Lynn Minmai está dando un concierto para la ciudad de Macross. Cuando los zentraedi van a capturarla Hikaru la defiende y lucha contra ellos aún cuando se pierde la gravedad en el área. Al final, aunque logra rescatarla, ambos quedan encerrados en medio de un área modular de transformación de la enorme estructura. Solos en la oscuridad, abandonados y atrapados; los jóvenes entablan una tímida amistad. Hikaru es un joven lugarteniente con problemas con la autoridad que es su más grande admirador; en cambio Lynn está cansada de su carrera y desea una aventura diferente. Durante tres días permanecen atrapados, pero cuando son liberados ambos se encuentran en una posición indecorosa. Esto mete en problemas a Hikaru y una sacudida enorme a la carrera de Lynn.
Ojo! Spoilers!
Para aliviar la tensión entre Misa y Hikaru, Claudia y Roy Fokker acuerdan una cita a ciegas sin informar a ambos oficiales. A pesar de la molestia de ambos (y de que son apenados por la apasionada pareja frente a ellos), ambos llegan a hacer las pases. Sin embargo, Hikaru abandona la cena para ir a una cita con Lynn Minmai. Como ella se pone melancólica, Hikaru se lleva a Lynn Minmai en una nave a ver los anillos de Saturno. Lamentablemente lo hace en el momento en que los zentradi deciden enviar una misión adelantada para capturar a algunos micronianos. A pesar del esfuerzo (y regaño) del hermano de Lynn, de Misa y de Roy; los cinco con capturados por los zentraedi y enviados a la nave del comandante Brittai.
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Debido a su inexperiencia, los zentraedi no pueden ocultar su sorpresa con respecto a la cultura humana. Vrittai los interroga en persona y descubre para su sorpresa que las hembras y machos micronianos viven juntos (las meltrandi y los zentraedi se odian mutuamente), no nacen en tubos, se gestan de la unión de ambos especímenes y poseen detalles de cultura que le resultan estremecedores. Lamentablemente no tiene tiempo para aprender nada más. Las meltrandi atacan la nave de Brittai y en la confusión los militares (Roy, Misa y Hikaru) escapan con una combinación de buena fortuna, uso de la cultura humana (Hikaru besa a Misa) y el sacrificio de Roy.
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El salto fold de los zentraedi deja a Misa y a Hikaru en la Tierra. Allí descubren lo que sucedió luego de la partida de la Macross, la destrucción total de la vida en el planeta. Ambos pasan volando los siguientes días y tratando de sobrevivir en el ambiente hostil en que ha quedado convertido su antiguo hogar. Pero, una isla en medio de la nada frente a las costas de Japón les llama poderosamente la atención. Cuando la inspeccionan descubren que es el hogar de la Protocultura, los creadores de las Meltrandi y los Zentraedi. Allí Misa descubre una pieza de información que contiene unas letras escritas (que ella puede traducir en su función en comunicaciones). Como nadie los va a rescatar, Misa e Hikaru se acercan como pareja. Para su decepción la Macross llega a su rescate.
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Los dos oficiales se reintegran a sus labores justo a tiempo para resistir un ataque Meltrandi. Durante el combate aéreo, Max Jenius se enfrasca en una lucha con Millia, el as Meltrandi. La nave Meltrandi destruye el cañón principal de la Macross, pero la raza femenina se ve obligada a replegarse debido a que los Zentradi atacan con una nueva arma, una canción de parte de la voz de Minmay. Cuando Millia regresa a su nave Max la persigue y la derrota en su interior. Es allí en ese momento que él contempla en persona por primera vez a su rival (en su gigantesca forma), y declara con cierta inocencia que es hermosa.
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El comandante Boddole Zer hace un tratado con los humanos. Con tal de conseguir la letra de la canción que le han entregado a Minmay, ellos dejarán en paz a los humanos si les ayudan a derrotar a sus mortales enemigas. Sin embargo, la flota Meltrandi de Lap Lamiz responde antes de que la letra este terminada. Por su parte, Lynn visita a Hikaru para reiniciar su relación, pero se encuentra conque Misa ha ocupado su lugar. Esto provoca un malentendido entre las mujeres, que hace huir a Lynn con el corazón roto e Hikaru declara su amor por Misa.
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Aún así, no hay tiempo que perder. Misa descubre que la pieza que recuperaron de la isla contiene la letra de la canción de los Zentraedi. Luego de sacrificar a una cuarta parte de su flota para destruir la nave de Lap Lamiz, Boddole Zer decide renegar de su trato con los humanos. Pero con un poco de convencimiento de Hikaru (incluyendo una preciosa bofetada), Lynn se arma de valor y entona la canción en batalla. Con este incentivo, tanto Brittai como Millia (quien ahora es compañera de Max en una forma macronizada) se unen con todas sus flotas para acompañar al SDF-1 en su asalto a la fortaleza del líder Zentraedi, al cual derrotan con una combinación de esfuerzo y una acertada maniobra de Hikaru.
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Cuando termina la batalla, Claudia le pregunta a Misa (ante la curiosidad de Minmay) en que consistía la canción, a lo cual ella confirma que es una simple canción de amor. Misa continúa su relación con Hikaru, mientras Minmay anima con su voz a los habitantes de Macross que inician la reconstrucción del planeta junto con los reunificados Zentraedis y Meltrandis.